杨晓琪
简介
3D Slicer 是开源的跨平台医学影像视觉化和三维重建软件。
- 用于医学图像计算数据集可视化和分析的软件应用程序。支持所有常用的数据集，例如 2D、3D 和 4D 的图像、分割、表面、注释、转换等。可视化可在桌面和虚拟现实中使用。分析包括分割、配准和各种量化。
- 一个研究软件平台，允许研究人员快速开发和评估新方法并将其分发给临床用户。所有功能均可用 Python 和 C++ 进行扩展。提供了完整的 Python 环境，可以安装任何 Python 包并将其与内置功能相结合。 Slicer 具有内置的 Python 控制台，可以充当具有远程 3D 渲染功能的 Jupyter 笔记本内核。
- 产品开发平台，允许公司快速原型设计并向用户发布产品。开发人员可以专注于开发新方法，而无需花费时间重新开发基本的数据导入/导出、可视化、交互功能。该应用程序被设计为高度可定制（具有自定义品牌、简化的用户界面等）。 3D Slicer 是完全免费的，对其使用方式没有任何限制 —— 由软件发行商负责确保开发的应用程序适合预期用途。
资源
官网
Github
https://github.com/Slicer/Slicer
下载地址
https://slicer-packages.kitware.com/
文档
https://slicer.readthedocs.io/en/latest/
开发
操作系统
- Windows
- Linux
- macOS
License
BSD
开发语言
- C++
- Python
UI 框架
Qt 5.15
构建工具
CMake
主要功能
使用版本：5.2.2
最新版本：5.6.1
主界面
加载数据
下载样例数据
点击主界面的 Download Sample Data 按钮，可从网上下载医学 CT 的样例数据。
以下是官方提供的可用于学习和研究的医学影像数据：
打开本地数据
点击主界面的 Add Data 按钮，可从本地打开图像数据。
数据格式支持
3D Slicer 支持非常丰富的数据格式：
- DICOM (.dcm)
- NRRD (.nrrd, .nhdr)
- MetaImage (.mha, .mhd)
- VTK (.vtk)
- Analyze (.hdr, .img, .img.gz)
- Nifti (.nii, .nii.gz)
- Tagged image file format (.tif, .tiff)
- PNG (.png)
- JPEG (.jpg, .jpeg)
- Windows bitmap (.bmp)
- BioRad (.pic)
- Brains2 (.mask)
- GIPL (.gipl, .gipl.gz)
- LSM (.lsm)
- Scanco (.isq)
- Stimulate (.spr)
- MGH-NMR (.mgz)
- MRC Electron Density (.mrc)
一些插件支持的格式：
- SlicerRT extension
·Vista cone beam optical scanner volume (.vff)
·DOSXYZnrc 3D dose (.3ddose)
- SlicerHeart extension
·Philips 4D ultrasound
·GE Kretz 3D ultrasound (.vol, .v01)
·Eigen Artemis 3D ultrasound
·Any 3D/4D ultrasound image and ECG signa
·RawImageGuess extension
- RAW volume (.raw)
- Samsung 3D ultrasound (.mvl)
·SlicerIGSIO extension
- Compressed video (.mkv, .webm)
- IGSIO sequence metafile (.igs.mha, .igs.mhd, .igs.nrrd, .seq.mha, .seq.mhd, .mha, .mhd, .mkv, .webm)
·OpenIGTLink extension
- PLUS toolkit configuration file (.plus.xml)
·Sandbox extension
- Topcon OCT image file (.fda)
视图交互
加载一张胸片数据，左边显示一个树状结构的主题树，默认显示打开的文件；右边是 2D 切片和 3D 模型的展示。
视图切换
通过工具栏上的“视图切换”按钮，可以切换到不同的视图，默认是 Four-Up 视图，显示三个角度的切片和一个三维模型。
切片视图
3D Slicer 提供了三个默认的切片视图（红、绿、黄），分别为横断面、冠状面、矢状面。我们可以通过拖动视图上的切片偏移滑块对某个方向上的切片进行浏览。
3D 视图
3D Slicer 提供了对切片数据的三维重建，重建后的三维图像如下所示：
标记
3D Slicer 可以对图像进行标记，提供了点、线、角度、曲线，以及 ROI。
以下是 ROI 的标记方式，点击 ROI 按钮，然后在图像上选择一个感兴趣的区域，画框，并且可以知道这个区域的坐标位置。
扩展
通过安装“扩展”可以向 3D Slicer 添加新功能。扩展是一种将一个或多个切片器模块捆绑在一起的交付包。安装扩展后，关联的模块将以与内置模块相同的方式呈现给用户。
通过工具栏上的“扩展”按钮，可以打开扩展管理器，我们可以在这里搜索我们需要的扩展，并进行安装。
